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멀지 않은 미래, 일본의 상업지구 오다이바는 범죄 집단의 소굴이 되어가고, 시 경찰의 힘이 무력해져간다.

어느날 오다이바 경찰서로 발령이 난 경찰관 리나(텐노지 리나)는 경관 파트너 아이(미야시타 아이)와 함께 나나(유우키 세츠나)일당을 추적한다.

나나 일당을 쫓아 폐공장으로 들어가나 체포를 앞둔 순간 나나 일당의 덫에 걸려 뇌사상태에 빠진다.

한편 도시 최고의 복합기업인 니지가사키사의 카스카스 부사장(나카스 카스미)은 회장(아사카 카린)과 회사 간부들이 모인 발표회에서 자신들의 소유인 시 경찰을 대신할 프로젝트인 치안유지로봇 KSKS-209를 야심차게 발표한다. 하지만 기능 테스트를 위해서 총을 겨눈 실험대상이 지시를 따라서 무기를 버렸음에도 살해당하는 추태를 보인다.

그 회의에 참석한 간부 개발진중 한명인 카나타(코노에 카나타)는 이 틈을 노려서 회장에게 자신의 구상을 어필한다. 바로 RINACOP계획(Robotic Interface Neural Application COP)으로 회장에게 지원을 받아서 본격적으로 계획을 진행하기 시작한다. 모든 준비는 끝난상태이지만 가장 중요한 생체코어를 찾고있던 도중 뇌사상태에 빠진 리나의 정보가 개발부의 귀에 들어간다.

카나타의 팀원들은 리나의 몸을 티타늄으로 보강하고 지워진 기억 위에 정교하게 짜여진 프로그램과 리나쨩보드를 집어넣어 극비리에 최첨단의 사이보그를 탄생시킨다.

리나는 리나캅이 되어 다시 오다이바로 파견된다. 동료들은 모두 리나캅의 정체를 알아차리지 못하지만 아이는 그녀가 리나임을 알아차린다.

하지만 리나캅은 아이를 기억해내지 못하고 리나캅으로서 위험이 도사리는 오다이바의 범죄와 싸워나간다. 그러던 어느날 리나캅은 범죄현장에서 나나의 부하중 한명인 아유무(우에하라 아유무)와 마주치고 리나캅으로 변하기 전 리나의 기억들이 조금씩 되살아 나기 시작한다.

이때 출세길에 오른 카나타가 꿀잠을 만끽하고 있을 쯤 카스카스 부사장의 사주를 받은 나나가 카나타를 찾아와서 암살한다. 기억이 어느정도 돌아온 리나캅은 자신을 한번 죽인 범인들을 찾기위해 고군분투하며 결국에는 나나를 체포하는데 성공한다. 나나는 진정한 흑막은 리나캅을 만든 니지가사키사의 카스카스 부사장이라고 실토하고 이를 들은 리나는 니지가사키 사옥으로 경찰차를 몰고 간다.

카스카스 부사장의 사무실 문이 열리고 리나캅은 체포를 하려고 다가가나 갑자기 기능이상을 일으키며 행동불능상태가 된다. 사실은 리나캅의 프로그램에는 니지가사키 간부들을 체포할수 없다는 코드가 심어져 있던것이고, 이 때를 노린 카스카스 부사장의 KSKS-209가 리나캅을 공격한다. 리나캅은 간신히 KSKS-209를 따돌리고 1층으로 내려가지만 오다이바 경찰과 경찰특공대들이 대기하고 있었다.

리나캅에 대한 사격명령은 내려져 있으나 오다이바 경찰은 동료를 쏠 수 없었고 자신들의 소유주인 니지가사키사의 처우에 반발해서 무기를 거두고 철수한다. 하지만 남아있는 경찰특공대들은 리나캅에게 수천발의 총알을 쐈고 리나캅은 도망치는것 이외에는 할 수 없었다.

그렇게 도망을 가던 중에 심하게 부상당한 리나캅의 앞으로 한대의 순찰차가 멈춰선다. 리나의 오랜 파트너였던 아이가 리나를 숨겨주기 위해서 찾아온 것이다.

아이는 리나캅을 폐공장에 숨기고 여러가지를 도와주는 와중에 다시 살아난 리나의 기억과 마주한다.

한편 카스카스 부사장은 나나가 여러가지를 실토한것이 마음에 걸려서 나나를 호출한다. 하지만 나나는 더이상 리나캅과는 얽히고 싶지 않아했지만 카스카스 부사장이 구 도심 재건시에 노동자들을 상대로 한 얇은책의 유통을 독점적으로 제공하겠다는 제안을 했고 나나는 동료들과 함께 다시한번 리나를 처리하러간다.

리나캅의 위치발신기를 추적해서 폐공장에 다시 온 나나와 그 일당은 리나캅에게 중화기를 쏘면서 돌진했지만 결국 모두 리나캅과 아이의 손에 저지당하고 만다.

리나캅은 다시 니지가사키사 사옥으로 향해가고 마침 회의중이던 카스카스와 간부들 앞에 선다. 리나캅은 모두가 보는 앞에서 카스카스의 범행증언을 재생했고 카스카스 부사장은 카린회장에게 총을 겨누며 인질로 잡는다. 하지만 카시코이한 카린회장이 "카스카스 넌 해고야!!!"라고 말하고 팔꿈치로 복부를 가격해 빠져 나온다. 리나캅은 "감사합니다"라고 말하고 이제 니지가사키사의 간부가 아닌 카스카스에게 정의의 심판을 내린다.

한바탕 소동이 정리되고 카린회장은 리나캅에게 "솜씨가 좋구먼, 자네 이름이 뭔가?"라고 묻는다.

리나캅은 "리나"라고 대답하고 리나로써 파트너 아이와 함께 오다이바의 범죄와 싸우기위해 돌아간다.