영화가 시작하면서 어린 시절의 치카와 어린 시절의 요우가 종이비행기를 날린다. 이때 치카와 요우는 어린 시절의 리코를 만난다. 장면이 전환되면서 2기 13화의 학교 강당으로 이어지면서 누마즈, 나카미세 배경으로 Aqours가 僕らの走ってきた道は・・・을 부른다. 노래가 끝나고 비행기가 날아가면서 러브 라이브! 선샤인!! 더 스쿨 아이돌 무비 오버 더 레인보우 로고가 등장한다.
3학년이 떠난 이후, 1~2학년 6명이 Aqours를 계속하기로 결정한다. 이제 우라노호시 여학원이 폐교되었고, 그동안 사용했던 연습실은 러브 라이브! 대회 기간 동안만 대여했기 때문에 Aqours는 앞으로 라이브를 하기 위해 연습할 장소를 찾기로 한다. 그 전에 그들이 앞으로 다닐 새 학교를 가 보기로 하고 버스를 탄다. 버스를 타고 요우는 목적지를 보여주는 휴대폰을 보면서 "이렇게까지 먼 곳에 학교가 있었나?"하고 의아했고, 그들이 내린 곳은 낡은 건물 앞이었다. 그리고 학교 대문에 적힌 팻말에는 "우라노호시 여학원 분교"라고 적혀 있었다. 다시 누마즈로 돌아온 Aqours, 한 카페에서 요시미, 이츠키, 무츠의 이야기로 새 학교 측에서 우라노호시 여학원 출신 학생들은 따로 이미 폐교된 초등학교에서 임시적으로 수업을 하기로 지시했다는 것을 알게 된다. 문제는 분교가 너무 낡았을 뿐만 아니라, 비록 3학년이 졸업했다 하더라도 1~2학년이 한 개의 좁은 교실에서 수업을 받아야만 해서 학교생활이 힘들다는 것이다. 분교 문제로 걱정하던 Aqours가 어느새 요우가 사라졌다는 것을 알게 되는데, 카페 밖을 나가 보니 요우가 어떤 학생이랑 대화를 나누는 것을 보게 된다. Aqours는 그가 요우의 남자친구라고 생각하고 몰래 따라가는데, 요우가 숨은 요시코를 발견해서 따라가는 걸 들키고 만다. 요우와 같이 있었던 학생은 와타나베 츠키로, 남자가 아니라 여자였으며[151], 우라노호시 여학원이랑 통폐합하는 새 학교의 학생회장이다. 그녀는 새 학교 학생들과 선생님들은 우라노호시 여학원 학생들과 같이 수업을 듣는 걸 괜찮다고 말했지만, 일부 학부모들이 부활동을 엄격히 하고 전국대회까지 진출하는 새 학교에 우라노호시 여학원 학생들이 들어오면 분위기가 흐트러지기 때문에 같이 다니면 안 된다고 주장하여 어쩔 수 없이 우라노호시 여학원 학생들이 낡은 분교를 다니게 되었다고 말한다. 이에 Aqours는 우리도 부활동을 열심히 할 수 있다며, 우라노호시 여학원 학생들이 새 학교 학생들과 같이 수업 받기 위해 본교에서 라이브를 보여주기로 하지만, 라이브에서 실수를 해 버려서[152] 결국 변함없이 분교에서 수업을 받을 위기에 처한다.
시간이 흐르고 Aqours는 연습할 장소를 찾지 못해 결국 해변가에서 연습을 하는데, 이때 Saint Snow를 불러 본인들을 평가해 달라고 부탁한다. 세이라는 연습하는 모습을 보면서 결승에서 보여준 WATER BLUE NEW WORLD의 무대는 100점이라고 하면 지금의 모습은 2~30점밖에 되지 않는다고 혹평을 한다. 그녀는 카난의 리듬감과 댄스, 마리의 가창력, 다이아의 우아함과 존재감이 대단했다고 말하고, Aqours는 이에 공감하며 3학년의 부재로 인해 전처럼 멋진 라이브를 보여주지 못하는 것을 걱정한다. 한편 어딘가 불안한 모습을 보인 리아는 3학년이 없어서 어떡하지라는 루비의 말에 반응하면서 언니는 이제 없다라고 말하면서 갑자기 뛰쳐나간다. 영문을 모르는 Aqours에게 세이라는 리아가 이전에 본인의 실수로 Saint Snow가 결승 진출에 실패한 것이 지금까지 마음에 계속 걸려 왔고, 게다가 언니의 졸업으로 인해 스쿨 아이돌을 같이 할 동료를 찾아야 하는데 친구들이 모두 거절을 해 버려 현재 리아가 마음이 혼란스러운 상태라고 말한다. 이때 갑자기 해변에서 헬리콥터가 등장하고, 거기서 마리의 어머니가 등장한다. 마리의 어머니가 나온 이유는 다름이 아니라 3학년 멤버들이 행방불명이 되었기 때문에, 1, 2학년 멤버들이라면 3학년을 찾을 수 있다고 말하며 사례금을 줄 테니 도와주라고 부탁한다. 마침 활동비가 필요했고, 3학년 멤버들을 보고 싶어했던 Aqours는 그녀의 부탁을 들어주기로 하는데, Aqours를 지켜보는 마리의 어머니가 의문의 미소를 짓는다. 3학년 멤버들이 행방불명된 곳은 바로 이탈리아. 츠키가 이탈리아에서 가이드를 해 주기도 한다. 이탈리아를 둘러보던 1, 2학년 멤버들은 3학년이 있는 장소가 있는 곳을 알게 되고, 마침내 3학년을 발견하게 된다. 1, 2학년 멤버들은 마리의 어머니가 3학년이 행방불명되어 3학년을 찾으라는 부탁을 들어주기 위해 여기에 왔다고 하는데, 3학년 멤버들이 "행방불명?"이라는 말을 하면서 의아한 모습을 보인다. 알고 보니 마리의 어머니가 어떤 목적으로 일부러 마리를 찾으려 다니고 있던 것. 이를 알아챈 마리는 요우가 제복을 좋아한다는 것을 이용해 옷을 던져버리고, 제복을 좋아하는 요우와 츠키가 옷 때문에 한눈을 판 사이 3학년은 도망친다. 1, 2학년 멤버들과 츠키는 옷에서 이탈리아어로 무언가 적힌 것을 발견하고 츠키는 이를 해석한다. 한편 3학년이 도망치면서 3학년이 부르는 逃走迷走メビウスループ 라이브가 나온다. 노래가 끝나고 3학년은 마리의 지인의 한 별장에 숨는다.
한편 1, 2학년 멤버들은 츠키의 말에 따라 어느 한 두오모(성당)에 도착한다.[153] 두오모에 올라간 그들은 어딘가 반짝이는 곳을 발견하고, 루비는 이것이 3학년들이 보내는 신호인 것을 직감적으로 알아채고 3학년이 있는 장소로 간다. 다시 재회한 Aqours가 서로 이야기를 나누는데, 카난이 마리의 어머니가 마리를 찾는 이유는 마리가 곧 결혼을 하기 때문이라고 말한다. 얼굴도 알지 못하는 상대랑 원하지도 않는 결혼을 할 위기에 처한 마리가 자유를 위해 3학년과 함께 도망을 친 것. 이때 마리의 어머니가 결국에는 이 별장에 도착해 Aqours를 찾는다. 마리의 어머니는 이제 본인의 말에 따르라고 하고, 마리는 자기는 원하는 삶을 살고 싶다고 말하며 팽팽하게 맞선다. 마리의 어머니는 마리가 우라노호시 여학원에 가서 한 게 뭐가 있냐고 말하자, 마리는 스쿨 아이돌로 성공했다고 반박한다. 이에 마리의 어머니는 스쿨 아이돌은 쓸모가 없는 활동이라고 한다. 마리가 스쿨 아이돌이 하찮지 않다고 말하면서, 라이브를 통해 우리가 스쿨 아이돌이 하찮지 않음을 보여 주겠다고 말하고, 사람들에게 감동을 주면 마리는 자기가 원하는 삶을 살 수 있게 해 주라고 제안한다. 마리의 어머니는 이 제안을 받아들이고, 이것이 실패하면 이제 본인이 시키는 대로 살게 될 거라고 말한다. Aqours는 스페인 광장[154]에서 Hop? Stop? Nonstop! 라이브를 부르고, 라이브는 성공적으로 마무리되면서 마리의 어머니도 스쿨 아이돌의 대단함을 받아들인다.
라이브 이후 귀국한 Aqours는 6명이서 어떻게 하지 고민하다가 리아가 Aqours에 들어온다고 이야기하였다. 본인 의사가 아니라 세이라의 의견이었는데, 루비는 리아가 그런 걸 원하지 않을 것이라고 한다. 한편 리아는 런닝을 하는데, 리아는 런닝을 하면서 본인의 실수 때문에 결승 진출에 실패하고, 이로 인해 눈물을 흘렸던 세이라를 떠올리면서 괴로워한다. 런닝하고 온 리아는 의상을 입은 세이라를 발견하고, 세이라에게 왜 의상을 입었냐고 묻자 세이라는 본인의 휴대폰을 드는데, 휴대폰에서 츠키가 러브 라이브! 결승전의 연장이라면서 중계하는 모습을 보여준다. 알고 보니 Aqours가 Saint Snow를 위해서 준비한 특별 선물로, Saint Snow가 결승에 진출하지 못한 한을 풀기 위해 Saint Snow와 Aqours만의 러브 라이브! 결승을 진행하기로 한다. 먼저 Saint Snow가 보여준 곡은 Believe again이었고, 이어서 Aqours가 Brightest Melody[155]를 부른다. 츠키는 이를 보면서 스쿨 아이돌이 정말 대단하다는 것을 느낀다.
한편 Hop? Stop? Nonstop! 라이브를 찍은 요우의 사촌인 츠키는 인터넷에 업로드하고, 그것을 본 새 학교 친구들이 와서 라이브 준비를 도와준다. キセキヒカル 삽입곡과 함께 Aqours는 라이브를 준비하는 모습이 나오고, 마침내 라이브 당일 누마즈의 한 거리에서 6인이서 Next SPARKLING!! 라이브를 하게 된다.[156] 결국 우라노호시 여학원은 분교에 다니지 않게 되고 분교 명판은 X표가 쳐진다. Next SPARKLING!!의 라이브가 진행되면서 엔딩 크레딧이 올라오고, 여기서 리아가 스쿨 아이돌을 같이 할 친구를 마침내 찾게 된 것이 묘사된다. 시간이 흐르고 누마즈의 어느 한 해변가. 두 명의 여자 아이가 스쿨 아이돌이 굉장하다면서, 나도 스쿨 아이돌을 하고 싶다고 말한다. 아이들이 모래사장에 적은 'Aqours' 글씨가 나오며, 이야기는 끝난다.